1980 এবং 90 এর দশকে, সিসটাইন চ্যাপেল একটি দীর্ঘ এবং বিস্তৃত পুনরুদ্ধার প্রকল্প গ্রহণ করেছিল যা জাপানি টেলিভিশন কর্পোরেশন দ্বারা স্পনসর করা হয়েছিল এবং শীর্ষ ইতালীয় এবং আন্তর্জাতিক বিশেষজ্ঞরা দ্বারা পরিচালিত হয়েছিল। পরিষ্কারের ফলে ফ্রেসকোস থেকে কয়েক শতাব্দী অবধি, ধূলিকণা এবং মোমবাতির ধোঁয়া মুছে ফেলা হয়েছিল এবং অপ্রত্যাশিতভাবে উজ্জ্বল রঙ প্রকাশিত হয়েছিল যা মাইকেলেলেজেলোর মাস্টারপিসের উদযাপিত ভাস্কর্যীয় গুণাবলীকে আংশিকভাবে বিপরীত করে। বেশ কয়েকজন পুনরুদ্ধারকারী, শিল্প ইতিহাসবিদ এবং সম্পর্কিত ক্ষেত্র বিশেষজ্ঞরা জড়িত একটি মারাত্মক বিতর্ক শুরু থেকেই এই প্রকল্পটিকে ঘিরে রেখেছে। বিতর্কটি একটি প্রধান ইস্যুকে কেন্দ্র করে: প্লাস্টার শুকানোর পরে মাইকেলহেলজেলো কি সেই সময়ের ফ্রেস্কো পেইন্টারদের পদ্ধতিতে সিকো (শুকনো) পেইন্ট দিয়ে তার সমাপ্ত ফ্রেস্কোটি সংশোধন করেছিলেন? (ফ্রেস্কো চিত্রশিল্পীরা প্রথাগতভাবে ভুলগুলি সংশোধন করার জন্য, তাদের কাজগুলিকে পরিমার্জন করার, এবং জলের সাথে যোগাযোগ সহ্য করতে পারে না এমন রঙ্গক প্রয়োগের মাধ্যম হিসাবে এটি করেছিলেন)) এবং যদি তাই হয় তবে পুনরুদ্ধারকারীদের প্রতিটি স্তরকে সতেজ প্লাস্টারে সরানো হলে শিল্পীর উদ্দেশ্যগুলি মিথ্যা করা হত ? এই ক্ষেত্রে, পুনঃস্থাপনকারীদের দ্বারা সরানো ছায়া, সংশোধন এবং আঠাগুলি পূর্ববর্তী পুনরুদ্ধার প্রচারের ফলাফল বলে মনে হয়। সিস্টাইন চ্যাপেল পুনরুদ্ধার বিতর্কটি এখনও মাঝে মাঝে আলোচিত হলেও শিল্প সংরক্ষণকরা এটিকে কোনও বিষয় বলে মনে করেন না।
